东汉当然要供奉西汉皇帝的牌位了。除去争取全国舆论支持，争取政治合法性不谈，刘秀在统一全国后，改认汉宣帝为爷爷，汉元帝为父亲，把自己塑造为西汉皇帝的直系后裔。而他的直系祖先则改为皇考，不再亲自祭拜。试想一下，刘秀连自己的直系祖宗都改认了，他怎么可能会不供奉西汉皇帝的牌位呢？
不过，东汉时期对西汉皇帝的拜祭制度，有过多次更改，直到汉明帝继位之后才最终确立成型。
第一阶段——所有皇帝的牌位全部祭拜刘秀称帝时，地盘只有河北一隅之地，而当时各地的割据势力有十几支，都是兵强马壮的军阀。这些军阀甭管是不是姓刘，都要拉一个姓刘的西汉宗室后裔出来撑门面，以显示自己的正统合法性。为了减小统一的压力，刘秀极尽之所能的拉拢所有可以拉拢的势力，当时散居在各地的刘姓诸侯就是刘秀要拉拢的对象。比如西汉的末代长沙王刘舜的儿子刘兴，就是被拉拢的对象之一。
既然要拉拢刘姓诸侯，那么恢复汉庙，把西汉历代皇帝的牌位重新摆起来，以祖宗的名义号令刘姓诸侯，就是刘秀必然要做的。
建武元年，刘秀在洛阳立庙，祭祀西汉高祖刘邦、文帝刘恒、武帝刘彻三位皇帝，以明正朔所在。
建武二年，汉军进占长安，大将邓禹重新休憩了长安的高庙，收西汉十一帝神主，遣使者送回洛阳。
由于当时天下还没有统一，东汉与各割据势力之间的战争尚在继续。为了显示自己政权的正统性，刘秀直接把西汉十一位皇帝的牌位全部摆进了洛阳高庙。
“乃合高祖以下至平帝为一庙，藏十一帝主于其中。”——《后汉书》
第二阶段——恢复“天子七庙”制度刘秀摆放所有西汉皇帝牌位的做法虽然能收揽人心，但是，这种先帝牌位的摆放方式并不符合儒家的礼制。
因为西汉实行的是“天子七庙”制度，太庙当中只能摆放七尊先帝的牌位。
所以在建武三年，刘秀便以太祖高帝、太宗文帝、世宗武帝为三座不迁毁的祖宗庙。然后再建高祖父（刘秀的直系祖宗）以下四座随亲尽而依次迁毁的祖庙。以符合“天子七庙”的制度规范。
这说明啥？这说明：那时候刘秀是打算自立门户的，他的宗统不跟西汉的一起混，他打算各算各的。
备注：天子七庙制度的意思是现任皇帝要供奉七位先帝的牌位。其中一祖二宗是要万世供奉的。另外四尊牌位是现任皇帝的四位直系祖宗，也就是父亲、爷爷一直往上追尊四位。刘秀当时供奉的一祖二宗是西汉的汉太祖、汉太宗、汉世宗。而四亲庙则是他自己的四代直系祖宗。
第三阶段——刘秀入继西汉大宗刘秀以高帝、文帝、武帝为祖宗庙，他自己的直系祖宗为四亲庙。这在数字上符合“天子七庙”的规制。
但是，刘秀的这种做法仍然不符合儒家的礼制规矩。因为按照宗法原则，宗族的大宗血缘统系是不可以中绝的。如果大宗的统系中绝，那就应该在小宗的子嗣中找一个人过继给大宗。
也就是说，刘秀要显示自己的正统性，他就不能供奉自己的直系祖先。因为他的直系祖先并不是皇帝，不是大宗，只是小宗。他必须要过继给西汉皇帝才能显示正统性。
建武十九年，刘秀这种在宗庙祭祀上另起炉灶的做法，引起了群臣们的讨论，群臣们一致认为，刘秀这种做法不符合礼法。群臣集体跟刘秀提意见。
为了平息舆论，刘秀不得不通过廷议的方式来解决这一矛盾。
最后根据廷议的决定：刘秀以小宗入继西汉大宗，认汉宣帝当爷爷，汉元帝为父亲。而他自己的直系祖宗则为皇考。每年祭祀祖先时，由刘秀亲自祭祀汉宣帝和汉元帝；汉成帝以下三位皇帝交给官员祭祀；刘秀自己的直系祖宗则交给地方官祭祀。
“宜以宣、元、成、哀、平五帝四世代今亲庙，宣、元皇帝尊为祖、父，可亲奉祠，成帝以下，有司行事，别为南顿君立皇考庙。其祭上至舂陵节侯，群臣奉祠。“（《后汉书·张纯传》）于是刘秀就这么把自己的亲祖宗给丢了，拜了汉宣帝和汉元帝为自己法统上的祖宗，确立了东汉和西汉的承继关系。
这里注意了：刘邦、刘恒、刘彻的皇帝牌位还在，这三位在“祖宗庙”。刘秀只是撤了他自己四座直系祖宗的牌位，改以汉宣帝以下的四代五位皇帝放入“祖庙”。
第四阶段——宗庙制度最终定型刘秀在法统上过继入汉宣帝，这在政治上对东汉的稳定起了非常大的作用。
但是，刘秀的儿子汉明帝对此颇为不满。因为他觉得自己父皇太吃亏了。明明就是开国皇帝嘛，怎么搞得那么委屈呢？
于是在刘秀驾崩后，汉明帝以刘秀中兴汉室有功，为其特立一庙，谥曰“世祖庙”。
这样一来，洛阳就有两所皇室宗庙，一个是祭祀西汉五位皇帝的“高庙”，一个是祭祀光武帝刘秀的“世祖庙”。
永平十八年（公元75年），汉明帝卒。他在临终前下遗诏，要求太子（汉章帝）不要再给他再建寝庙，他的牌位摆到世祖庙的更衣别室，并且还规定：“敢有所兴作者，以擅议宗庙法从事。”
汉章帝去世前，也仿效父皇汉明帝，让即将继位的太子（汉和帝）把自己的牌位也摆进世祖庙。
自此之后，东汉历代皇帝都以此仿效，都把牌位摆进了刘秀的世祖庙。而不是摆放西汉皇帝牌位的“高庙”。
于是，这就导致了一个很奇怪的现象：东汉有两座祖庙，“高庙”摆放了五位西汉皇帝的牌位，“世祖庙”则摆放了东汉所有皇帝的牌位。这种情况在历史上被称为“同堂异室”。
这个现象在历史上是颇受批评的。有后人曾经就对此评价道：永平所立世祖庙，又与高庙异处，无复昭穆之序。……其渎乱不经，未有如是之甚者。
东汉灭亡后，刘备在成都继位称帝，他也学刘秀，继位之后在成都立庙，祭祀两汉皇帝。
置百官，立宗庙，祫祭高皇帝以下。——《三国志·先主传》但是刘备所立太庙的规制如何，史书上并没有记载。为此南北朝时期的裴松之在为《三国志》作注解时还特意的说：“臣松之以为先主虽云出自孝景，而世数悠远，昭穆难明，既绍汉祚，不知以何帝为元祖以立亲庙。于时英贤作辅，儒生在宫，宗庙制度，必有宪章，而载记阙略，良可恨哉！”