这是个很好的问题。
首先，古代的“起义”确实主要并不是由农民发起的抛开著名的“汤武革命“一类，古代大多数的起义、造反的确大都是由有一定社会地位、有一定知识水平的人领导的。我们不妨看几个著名的例子：
陈胜吴广起义，被誉为中国古代第一个农民起义。但陈胜、吴广当时的身份是下级军官，是军人；
西汉末年的平林、新市兵，领导者刘演、刘秀兄弟和绿林的领导者刘玄都是西汉皇室的远支，是没落贵族或是小军阀；
东汉末年的黄巾起义，领导者是太平道的张角等人，可以看做民间宗教领导者。在古代，这些民间宗教的创始人往往是有一定文化甚至是医学、化学知识的人；
隋末农民起义，著名的瓦岗军，领导人李密等就是当时的一批地方豪杰，说是黑社会地头蛇并不太为过；
唐末黄巢起义，黄巢是盐商，贩私盐的，搁古代贩私盐就跟今天的毒贩差不多一个意思，不仅钱多，而且需要很大胆的人才能干。黄巢还会写诗；
宋代没有特别出名的农民起义，宋江水泊梁山那主要是小说家言，但即便是小说家言，也能看出宋江等人的身份也不是农民；
元末的朱元璋算是极为罕见的农民了，他不仅是农民，而且是农民中的流民；
明末起义的李自成是邮局下岗职工，张献忠是犯了错误被开除出公安队伍的基层刑警。
因此，的确古代的大规模的起义基本上并不是由农民领导的。
二、称之为”农民起义“，直接原因是中国当代的马列史观直接原因非常简单，因为中国的官方历史叙述，是根据马列史观来执行的。按照马列史观，特别是列宁主义，中国古代也是存在阶级矛盾、阶级斗争的。
那么，在漫长的古代，特别是按照原始社会、奴隶社会、封建社会的阶段论，奴隶社会的阶级斗争，那就是奴隶反抗奴隶主的斗争，比如”牧野之战“，就会被描述为”奴隶倒戈“，而不是”农民起义“。
同理，所谓”封建社会“的阶级斗争发生在农民和地主之间，那么，皇帝才是地主的代表，反抗皇帝的当然只能是农民。”农民起义“的农民，并不是实指某个具体的人是不是农民，而是一种政治修辞，用来说明反抗皇帝的阶级是农民阶级。
只有把这些造反都看作是”农民起义“，才能确保在后面的历史叙述中，造反的主体是工人。
三、即使抛开马列史观，这些起义也仍然可以看做农民起义什么是农民？什么是地主？
说白了，一个农民，有了足够多的地，就是地主（除了占有极少土地的自耕农）。读者里有些对刚解放的日子有记忆的，一定能知道，很多地方的农村的地主，就是解放前买了地的农民、商人。换言之，地主和农民的本质区别就是土地，大地主占有大量的土地。
因此，农民和地主在人性上，在观念上，并没有本质区别。一些小知识分子、下级军官、下级官吏参加了造反，无非就是想成为大地主，想当皇帝，他们既不会走华盛顿的道路，也不会走斯大林的道路，他们只会重复当皇帝的道路。
从这一点来说，农民和地主本质的诉求是完全一样的，同样一个人，有了土地就是地主，失去土地就是农民，那么，把一些所谓的地主领导的造反叫做农民起义，又有什么区别呢？
朱元璋都当了皇帝了，当时还有很多人背地里、心底里嘲笑他是农民。古人尚且如此，今人也就不难理解了。
即使从阶级的角度来看，我们历史书上讲的农民起义，往往容易混淆两种不同的起义：
（1）地方官僚、地主等阶层，和农民一起，反抗中央的残暴统治。
（2）各地农民反抗当地官僚、地主等阶层的压迫。
显然，这两者是很不同的。尤其，从起义纲领、目标来看，前者是对抗中央、推翻王朝，后者才是反抗当地地主的压迫。从起义队伍构成来讲，前者是不同阶级的联合；后者才是农民（或者其他社会底层力量）反抗剥削压迫。
真正意义上的农民起义，应该是（2）。
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我们编写的历史书，就常常把（1）、（2）混为一谈。比如我们说秦末农民大起义，更多的是（1）。称为农民起义就有些不妥。
就说在沛县吧，一开始县令也希望响应陈胜，这个过程中积极活动的是沛县主吏萧何、狱掾曹参；刘邦是泗水亭长，这我们都知道了。所以这支义军，最大的特点，其实是一支沛县人的队伍——所以刘邦就称沛公，旗帜就很鲜明了。在不同的地方，领导、参与起义的人员，来源非常广：有秦帝国的既得利益者（刘邦），有六国贵族的后裔（项羽），还有各种游侠、逃犯、士兵、农民。当然，然不同地方的义军汇合起来，组成新的政治体。
这样的运动，称为农民起义不是很妥当。
2
虽然，我们历史书中“农民起义”受到苏联很大的影响，但苏联学者其实更注重（1）、（2）的分野。俄国学者在研究黄巢起义的过程中，就指出这才是一场真正意义上的农民起义。
具体来讲，黄巢起义其实是各种社会中下层的群体，联合起来，反对门阀、大官僚、大地主、大商人的压迫。所以他们要打到的对象首先不是长安的皇帝，而是各地压迫底层人民的地主，甚至，到了广州以后，也达到当地的大商人（很多都是胡人）。随着队伍不断壮大，因缘际会才攻入长安。
虽然说这个说法带有很强阶级史观的意味，但是还是很有洞见的。概言之，黄巢起义从阶级性上讲，要比秦末、汉末、隋末起义鲜明。