清朝入关之后，全面继承了明朝的太庙，那么原来太庙里的明朝老祖宗们去哪了呢？很简单，都被搬到历代帝王庙里了。
一般情况下，前朝灭亡，新朝建立，新朝的皇帝都会对前朝的皇族进行封王或者封侯，让他们继续祭祀前朝的皇帝，只不过庙数要缩减，意思基本就是将前朝的太庙变成“家庙”。这是一个约定俗成的规矩，不过清朝入关的时候，汉化不深，对这套制度不够了解，所以一直没有封朱元璋的后代，直到雍正在位期间，才封明皇室后裔朱之琏为延恩侯。
因为清朝一直对外宣传的是“继承明朝”，而非“推翻明朝”，所以清朝建立之后，并没有新建太庙，而是直接继承了明朝的太庙，至于明朝的历代皇帝，则被搬进了历代帝王庙。
历代帝王庙是明朝嘉靖皇帝建立的，但这个创意却是自古有之。三皇一直被视为中国人的祖先，为历代帝王所景仰；而历代帝王，则是后代借鉴和效法的榜样，所以也要祭祀。朱元璋建立明朝的时候，在南京建了个庙，将三皇五帝以及夏禹、商汤、周武王、汉高祖、汉光武帝、唐太宗、宋太祖、元世祖等共16个帝王立起雕塑，供奉起来，进行祭祀。朱棣迁都北京之后，对历代帝王的祭祀一般就在北京郊区或者故宫的文华殿进行。到了嘉靖时期，嘉靖于1530年在北京修建了历代帝王庙，祭祀人物沿袭旧制。
帝王庙庙门三间，景德门五间，正殿名景德崇圣殿，面阔九间，进深五间，内设五龛，，但只设牌位不塑像，中龛供三皇（伏羲、神农、黄帝）神位，左一龛供五帝（少昊、颛顼、帝喾、尧、舜）神位，右一龛供三王（夏禹王、商汤王、周武王）神位，左二龛汉高祖、汉光武帝神位，右二龛唐太宗、宋太祖、元世祖神位。此外，东西两庑共设四坛，从祀三十七名臣。嘉靖二十四年，嘉靖又把元世祖忽必烈及博尔忽、赤老温等五名臣的神位撤销。
清军入关之后，当年就把明太祖朱元璋的神位搬进了历代帝王庙，列宋太祖之后。第二年，顺治又把辽太祖、金太祖、金世宗、元太祖请进了帝王庙，同时还把明朝开国功臣徐达、刘伯温请了进去。这样帝王庙中的皇帝成了21位。
顺治十七年，顺治下旨，将商中宗、商高宗、周成王、周康王、汉文帝、宋仁宗、明孝宗请入帝王庙享祀，同时，将辽太祖、金太祖、元太祖搬了出来。
康熙继位之后，推翻了他老爹的意见，将商中宗、商高宗、周成王、周康王、汉文帝、宋仁宗、明孝宗又搬了出来，重新将辽太祖、金太祖、元太祖请了回去。
不过，康熙晚年时，他认为后人评价先代帝王应不应该享受祭祀是不合理的，于是决定将除无道被弑、亡国之主外，全部请入帝王庙享受祭祀。康熙死后，雍正又稍作调整，于是，享祀的帝王扩大到164人。
到乾隆时期，又进行了一次调整，乾隆提出了“中华统绪，绝不断线”的观点，把庙中没有涉及的朝代，也选出皇帝入祀。不过，乾隆认为，金朝的灭亡并不是亡国之君金哀宗的责任，所以他是可以进历代帝王庙的；而汉朝的桓帝和灵帝两位虽然不是亡国之君，但对于东汉灭亡却有着不可推卸的责任，所以被踢了出来。再比如，三国鼎立时期，只有汉昭烈帝刘备被请了进来，曹丕和孙权也无此待遇，曹操没有称帝，则更没有资格。最终，帝王庙中享祀的帝王确定为 188位。
按照规定，亡国之君不能被请进帝王庙的，但清朝认为，明朝虽然亡在崇祯皇帝手上，但责任却不在于他，因此崇祯也被请进了帝王庙，另外建文帝朱允炆和景泰帝朱祁钰这两位也被请进了帝王庙。而被明朝认为应该背负亡国责任的万历、天启帝被排除在外，泰昌帝朱常洛由于在位时间太短，也被排除。所以，明朝十六位皇帝中有十三位进了帝王庙，享受祭祀。
尽管能够进入历代帝王庙的皇帝如此之多，中国还是有三个王朝的皇帝没有入选。一个是秦朝，秦始皇虽然是千古一帝，统一了六国，但向来有暴君之称，不为儒家认同，所以没有入选。二是西晋，西晋得位不正，而且后代皇帝也都不靠谱，也没有入选。三是隋朝，理由同样是得位不正，而且更重要的是隋文帝对宇文家族进行了严厉的清洗，隋炀帝则是亡国之君。此外，建立新朝的王莽，唐朝女皇武则天也不在此列，因为这两人生前都自己去除了帝号。
秦汉以后，对三皇五帝和历代帝王的祭祀不断发展变化，经历了从陵墓祭祀到立庙祭祀、从个体人物祭祀到系列人物祭祀、从分散单独祭祀到集中群体祭祀、从祭祀开国帝王到祭祀守业帝王、从祭祀汉民族帝王到祭祀多民族帝王、从主祀帝王本人到贤臣陪祀的发展过程，也从侧面浓缩了中华五千年的发展历程，不是由哪一个人创造的，而是由一代又一代的前辈们共同创造出来的。
自嘉靖修建到清朝灭亡的380年间，历代帝王庙举办了622场祭祀大典，其中皇帝亲自前往祭祀的16次。清朝灭亡后，帝王庙风光不再，民国时驻扎过军队、办过武术馆、做过学校校舍。到后来由于常年没有维护，屋顶杂草丛生、围墙塌方严重，甚至帝王的神位也被拿去做了切菜板。
“太庙”是古代皇帝祭祀先祖的地方，也可以说是皇帝的“家庙”，最初里面只供奉皇帝的先祖，后来皇后和功臣也获得了被供奉于太庙的荣誉，即“配享太庙”。
太庙制度早在夏朝时代就已经出现了，不过那时候祭祀先祖的地方还不叫“太庙”，太庙这个名称是西汉时期才正式确定下来的。
而从某种意义上讲，“太庙”更是一个王朝兴衰的见证，太庙在则江山在，太庙亡则江山失，所以基于此种祭祀观念，当新王朝取代旧王朝时，新王朝的统治者就往往面临一个非常尴尬棘手的问题，即“该如何处理前朝的太庙”。
可能有的朋友会说，既然是前朝太庙，那就直接毁掉好了，可是如果直接毁掉，那新朝统治者将会面临其他一系列问题，最大的问题就是该如何收取天下人之心？要知道新朝初立，所面对的都是前朝遗民，只要前朝不是特别的残暴，总会有大批遗民对前朝念念不忘，所以，如果随意毁掉前朝太庙，则天下人心不服，新朝刚建立起来的统治威信也会荡然无存。
所以，前朝太庙不能毁，而纵观我国历代王朝，也会发现，如果和前朝没有血海深仇的，新朝大多没有损毁太庙，假如前朝太庙不幸在战火中损坏了，新朝还会对其进行修缮重建或选址令建，但是有一个非常重要的问题就是，新朝建立后，前朝的太庙规模一定会有所缩减，毕竟前朝已经覆灭，若再以皇帝之礼祭祀，也说不过去，而这个问题就要牵扯到古代礼法制度之“二王三恪”制了。
“二王三恪”制的大体意思就是，新朝取代前朝后，新朝君王为了彰显新朝之正统地位，会给予前朝皇族后裔一定的爵位，一般情况下都会是王爵或者公爵，对应不同的爵位还有相应的封邑。如果封前两代王朝的皇族后裔，则称之为“二王后”，若封前三代王朝的皇族后裔在，则称之为“三恪”。
例如，唐朝武德元年，封隋恭帝杨侑为酅国公，封北周后裔为介国公，此即为二王后。而后梁立国后，则封唐宗室李嵸为莱国公，与隋朝后裔酅国公杨仁矩为二王后，而加上后周宇文氏子孙介国公则为三恪。
那么在了解了“二王三恪”后，我们就要解决最主要的问题了，即新朝如何具体处理前朝太庙。
前面说过，新朝通常情况下是不会毁掉前朝太庙的，但是基于“二王三恪”之礼，前朝太庙的规模一定会缩减，《周礼》对宗庙有一个非常严格的限定，即天子立七庙，诸侯立五庙，大夫立三庙，士立一庙，庶人无庙，以此区分亲疏贵贱。
不过实际上各朝代对于太庙庙数也有不同的规定，因此，《周礼》的规定只是告诉大家一个事实，即古代上至皇族下至地方士族，祭祀先祖的庙数是有严格规定的，不可逾制，否则就是杀头，诛族的大罪。
因此，如果新朝按照“二王三恪”的礼法对前朝皇族后裔进行了重新册封给予不同爵位的话，那前朝的太庙也会根据相应的爵位进行缩减，通常情况下是保留三庙，由所册封的前朝皇族后裔进行祭拜，而这实际上也就是将前朝太庙正式变为所册封之前朝皇族后裔的“家庙”，如后梁册封李唐后裔的情况便是这样：
莱国公李嵸合留三庙，于西都选地位建立庙宇，以备四仲祀祭，命度支供给，以遵彝典当然了如果遇到胸怀特别大度的新朝如宋朝，宋朝就规定了后周的太庙要按照原先的规模继续祭祀。
其周朝嵩、庆二陵及六庙，宜令有司以时差官朝拜祭飨，永为定式。仍命周宗正卿郭玘（王巳）行礼。当然了，除了以上两种处理方式之外，还有一种方式，即兴建于明朝的“历代帝王庙”。
大概是经过了大礼议之争的洗礼，嘉靖皇帝突发奇想的修建了一座“历代帝王庙”，他将历代一些贤明君主全都供奉于此，而清承明制，到了清朝，这个“历代帝王庙”里供奉的君王越来越多，最终只要生前不是特别的暴虐荒淫，都能进去。
而目前北京的太庙，本是明朝的太庙，后来清朝入关，本着清承明制的原则，将原本老朱家的“家庙”给占去了，然后以明朝皇帝发明的方式，将明朝的皇帝们“请”进了“历代帝王庙”中进行供奉。
当然了，礼法不能乱，起先顺治，康熙因为刚入关不久，很多礼法不是很懂，所以对于前明皇族后裔一直没有进行册封，一直到了雍正在位期间，才封明皇室后裔朱之琏为延恩侯，不过这个人究竟是不是真的前明皇族后裔就很难说了。